کمبود فضای فیزیکی متناسب با نیاز آموزش، درمان و بهداشت، محدود بودن منابع مالی و عدم جذب بودجه‌های استانی و کشوری و عدم وجود سازوکار مناسب در خرید دارو و تجهیزات از دیگر چالش‌های نظام سلامت استان گیلان است.